השופט יוסף אלון כיהן במערכת המשפט במשך כ-16 שנים במגוון תפקידים, בין היתר, כנשיא בפועל של בתי המשפט השלום במחוז הדרום, כנשיא בית המשפט המחוזי בבאר-שבע וכשופט בפועל בבית המשפט העליון. התמחותו העיקרית היא בתחום המשפט האזרחי-מסחרי, בין היתר, בדיני החוזים, דיני מיסים ובתחום המשפט המנהלי.